После почти полного осушения территории в конце средней юры в поздней юре вновь начинается прогибание. Однако этот новый этап прогибания происходит по совершенно иному плану, чем более ранний: если раньше на территории Большого Кавказа развивался единый прогиб, то, начиная с поздней юры, возникают два прогиба, разделенные относительно приподнятой зоной в осевой части современного горного хребта. К югу от этого поднятия протягивался узкий вытянутый вдоль современного южного склона прогиб, а к северу располагался обширный бассейн со сравнительно небольшой интенсивностью прогибания. С этого же момента (поздняя юра) резко меняется и состав осадочных отложений: в разрезе начинают преобладать карбонатные, известняковые породы, а это свидетельство более или менее спокойных условий, отсутствия контрастного рельефа и значительных областей размыва поблизости. В это же время отмечаются и первые следы деформации пород, образование складок — пласты пород позднеюрского возраста ложатся на более древние с угловым несогласием, т. е. не параллельно более древним пластам, а составляя с ними некоторый угол.